PlantPromoterDB promoter information of AT5G63680.1

Summary of Gene (AT5G63680.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G63680 TAIR NCBI
Gene model	AT5G63680.1
Description	pyruvate kinase, putative; FUNCTIONS IN: pyruvate kinase activity, potassium ion binding, magnesium ion binding, catalytic activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, glycolysis; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyruvate kinase, C-terminal-like (InterPro:IPR015795), Pyruvate kinase, active site (InterPro:IPR018209), Pyruvate kinase, beta-barrel-like (InterPro:IPR011037), Pyruvate kinase, alpha/beta (InterPro:IPR015794), Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase, catalytic core (InterPro:IPR015813), Pyruvate kinase (InterPro:IPR001697), Pyruvate kinase, barrel (InterPro:IPR015793); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pyruvate kinase, putative (TAIR:AT5G08570.1); Has 6905 Blast hits to 6826 proteins in 1520 species: Archae - 99; Bacteria - 3257; Metazoa - 489; Fungi - 169; Plants - 284; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2607 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25489507-25490706)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G63680.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63680.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 17 + 25490118 -389

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	17	+	25490118	-389

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 25490073 -434

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	25490073	-434

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GATATAAAAC + 25490082 25490091 -425 -416

Y Patch CTTTCTTC + 25490091 25490098 -416 -409

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GATATAAAAC`	+	25490082	25490091	-425	-416
Y Patch	`CTTTCTTC`	+	25490091	25490098	-416	-409
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTATTGG + 25490031 25490038 -476 -469

AtREG611 CTTATTGG PPDB Motif PLACE Motif

REG TTCCACGTGGAA + 25490057 25490068 -450 -439

AtREG408 TCCACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG627 TTCCACGTGGAA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTATTGG`		+	25490031	25490038	-476	-469
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTCCACGTGGAA`		+	25490057	25490068	-450	-439
	AtREG408	`TCCACGTGGA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG627	`TTCCACGTGGAA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None