PlantPromoterDB promoter information of AT5G63840.1

Summary of Gene (AT5G63840.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G63840 TAIR NCBI
Gene model	AT5G63840.1
Description	radial swelling mutant shown to be specifically impaired in cellulose production. Encodes the alpha-subunit of a glucosidase II enzyme.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25544056-25545255)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G63840.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G63830.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63840.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 25545029 -27

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	25545029	-27

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 25544991 -65

TSS clone T clone + 25544992 -64

TSS clone A clone + 25545030 -26

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	25544991	-65
TSS clone	`T`	clone	+	25544992	-64
TSS clone	`A`	clone	+	25545030	-26

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCCTC + 25544980 25544989 -76 -67

Y Patch TCTCTTCTCTT + 25545062 25545072 6 16

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCCTC`	+	25544980	25544989	-76	-67
Y Patch	`TCTCTTCTCTT`	+	25545062	25545072	6	16
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTAACGG + 25544750 25544757 -306 -299

AtREG610 TTTAACGG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG TTGACTTT + 25544834 25544841 -222 -215

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG GTTTGGGCCGAA + 25544893 25544904 -163 -152

AtREG474 GTTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414   TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393    TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG427     GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTTGGGCTATGGGCCTT + 25544918 25544934 -138 -122

AtREG469 TTTGGGCT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG364        TATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354         ATGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353          TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CGGACCCG + 25544965 25544972 -91 -84

AtREG491 CGGACCCG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTAACGG`		+	25544750	25544757	-306	-299
	AtREG610	`TTTAACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`TTGACTTT`		+	25544834	25544841	-222	-215
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`GTTTGGGCCGAA`		+	25544893	25544904	-163	-152
	AtREG474	`GTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG427	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TTTGGGCTATGGGCCTT`		+	25544918	25544934	-138	-122
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`CGGACCCG`		+	25544965	25544972	-91	-84
	AtREG491	`CGGACCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None