PlantPromoterDB promoter information of AT5G64160.1

Summary of Gene (AT5G64160.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G64160 TAIR NCBI
Gene model	AT5G64160.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; Has 24 Blast hits to 24 proteins in 11 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1; Fungi - 2; Plants - 20; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25669941-25671140)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G64160.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G64150.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G64160.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 25670930 -11

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	25670930	-11

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 25670930 -11

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	25670930	-11

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTT + 25670888 25670895 -53 -46

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTT`	+	25670888	25670895	-53	-46
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCGGTTTAT + 25670763 25670771 -178 -170

AtREG514 TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG598 CGGTTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CTAAACCGGAT + 25670786 25670796 -155 -145

AtREG511 CTAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521   AAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561    AACCGGAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATCCGGTTC + 25670798 25670806 -143 -135

AtREG561 ATCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 TCCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTGAACCG + 25670823 25670830 -118 -111

AtREG640 TTGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCGGTTTAT`		+	25670763	25670771	-178	-170
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG598	`CGGTTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CTAAACCGGAT`		+	25670786	25670796	-155	-145
	AtREG511	`CTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG561	`AACCGGAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ATCCGGTTC`		+	25670798	25670806	-143	-135
	AtREG561	`ATCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`TCCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTGAACCG`		+	25670823	25670830	-118	-111
	AtREG640	`TTGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None