PlantPromoterDB promoter information of AT5G64200.2

Summary of Gene (AT5G64200.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G64200 TAIR NCBI
Gene model	AT5G64200.2
Description	encodes an SC35-like splicing factor of 35 kD localized to the nuclear specks.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25677253-25676054)

`Genome position from initiation codon` `AT5G64170.1 AT5G64170.2 TSS from cDNA TSS information AT5G64200.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G64180.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G64200.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 25683631 -78

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	25683631	-78

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 25683632 -79

TSS clone A clone - 25683631 -78

TSS clone T clone - 25683630 -77

TSS clone A clone - 25683612 -59

TSS clone A clone - 25683611 -58

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	25683632	-79
TSS clone	`A`	clone	-	25683631	-78
TSS clone	`T`	clone	-	25683630	-77
TSS clone	`A`	clone	-	25683612	-59
TSS clone	`A`	clone	-	25683611	-58

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTCTCTC - 25683586 25683597 -33 -44

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTCTCTC`	-	25683586	25683597	-33	-44
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATCCGGTTCG - 25683729 25683738 -176 -185

AtREG561 ATCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 TCCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423 CCGGTTCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATCCGGTTCG`		-	25683729	25683738	-176	-185
	AtREG561	`ATCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`TCCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 25676729 AT5G64170.2

TSS peak A 5 + 25677083 AT5G64180.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	25676729	AT5G64170.2
TSS peak	`A`	5	+	25677083	AT5G64180.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 25676746 AT5G64170.2

TSS clone C clone - 25676687 AT5G64170.2

TSS clone T clone - 25676686 AT5G64170.2

TSS clone G clone + 25677084 AT5G64180.1

TSS clone A clone + 25677096 AT5G64180.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	25676746	AT5G64170.2
TSS clone	`C`	clone	-	25676687	AT5G64170.2
TSS clone	`T`	clone	-	25676686	AT5G64170.2
TSS clone	`G`	clone	+	25677084	AT5G64180.1
TSS clone	`A`	clone	+	25677096	AT5G64180.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCT - 25676709 25676716 AT5G64170.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCT`	-	25676709	25676716	AT5G64170.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTGCCACGTGTT - 25676818 25676829 AT5G64170.2

AtREG452 TTGCCACG     PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367   GCCACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG382    CCACGTGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG590     CACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG ATGACGTGTAC - 25676925 25676935 AT5G64170.2

AtREG483 ATGACGTG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517 TGACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG562    ACGTGTAC ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CCAATAAG - 25676970 25676977 AT5G64170.2

AtREG611 CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG AACACGTGGCAA + 25676818 25676829 AT5G64180.1

AtREG590 AACACGTG     ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG382 ACACGTGG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG367   CACGTGGC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG379    ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG452     CGTGGCAA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG GTACACGTCAT + 25676925 25676935 AT5G64180.1

AtREG562 GTACACGT    ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517   ACACGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG483    CACGTCAT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CTTATTGG + 25676970 25676977 AT5G64180.1

AtREG611 CTTATTGG PPDB Motif PLACE Motif

REG CGGTTAAA + 25677031 25677038 AT5G64180.1

AtREG645 CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR