version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G64200.2

Summary of Gene (AT5G64200.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G64200  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G64200.2  
Description encodes an SC35-like splicing factor of 35 kD localized to the nuclear specks.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25678103-25676904)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G64200.2                      5'->3' (-)
Promoter sequence



 
AT5G64180.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence



 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G64200.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4-25683631-78

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone-25683632-79
TSS cloneAclone-25683631-78
TSS cloneTclone-25683630-77
TSS cloneAclone-25683612-59
TSS cloneAclone-25683611-58

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCGTCTCTCTCTC-2568358625683597-33-44
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATCCGGTTCG-2568372925683738-176-185
 AtREG561ATCCGGTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579 TCCGGTTC  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG423  CCGGTTCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA5+25677083AT5G64180.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+25677084AT5G64180.1
TSS cloneAclone+25677096AT5G64180.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTACACGTCAT+2567692525676935AT5G64180.1
 AtREG562GTACACGT   ABA, Auxin PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG517  ACACGTCA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG483   CACGTCAT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGCTTATTGG+2567697025676977AT5G64180.1
 AtREG611CTTATTGG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCGGTTAAA+2567703125677038AT5G64180.1
 AtREG645CGGTTAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGATGACGTGTAC-2567692525676935AT5G64170.2
 AtREG483ATGACGTG    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG517 TGACGTGT  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG562   ACGTGTACABA, Auxin PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGCCAATAAG-2567697025676977AT5G64170.2
 AtREG611CCAATAAG PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.