PlantPromoterDB promoter information of AT5G64260

Summary of Gene (AT5G64260)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G64260 TAIR NCBI
Gene model	AT5G64260
Description	EXORDIUM LIKE 2 (EXL2); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphate-induced protein 1 conserved region (InterPro:IPR006766); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: EXL4 (EXORDIUM LIKE 4) (TAIR:AT5G09440.1); Has 233 Blast hits to 233 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 231; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25702980-25704179)

`Genome position from initiation codon` `AT5G64260.1 TSS from cDNA TSS information AT5G64260 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G64260

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 172 + 25703929 -51

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	172	+	25703929	-51

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 25703929 -51

TSS clone A clone + 25703930 -50

TSS clone T clone + 25703949 -31

TSS clone A clone + 25703957 -23

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	25703929	-51
TSS clone	`A`	clone	+	25703930	-50
TSS clone	`T`	clone	+	25703949	-31
TSS clone	`A`	clone	+	25703957	-23

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GTATAAATA + 25703896 25703904 -84 -76

Y Patch CCTCTCCT + 25703938 25703945 -42 -35

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GTATAAATA`	+	25703896	25703904	-84	-76
Y Patch	`CCTCTCCT`	+	25703938	25703945	-42	-35
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCACGTCAC + 25703753 25703761 -227 -219

AtREG419 CCACGTCA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG466 CACGTCAC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TCCACGTGGCAAT + 25703815 25703827 -165 -153

AtREG408 TCCACGTG      ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG367   CACGTGGC    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG379    ACGTGGCA   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG452     CGTGGCAA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG654      GTGGCAAT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCACGTCAC`		+	25703753	25703761	-227	-219
	AtREG419	`CCACGTCA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG466	`CACGTCAC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TCCACGTGGCAAT`		+	25703815	25703827	-165	-153
	AtREG408	`TCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG367	`CACGTGGC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG452	`CGTGGCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG654	`GTGGCAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None