PlantPromoterDB promoter information of AT5G64270.1

Summary of Gene (AT5G64270.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G64270 TAIR NCBI
Gene model	AT5G64270.1
Description	splicing factor, putative; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: mRNA processing; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HEAT (InterPro:IPR000357), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Splicing factor 3B subunit 1 (InterPro:IPR015016), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RCN1 (ROOTS CURL IN NPA); protein phosphatase type 2A regulator (TAIR:AT1G25490.1); Has 1441 Blast hits to 1324 proteins in 270 species: Archae - 12; Bacteria - 198; Metazoa - 607; Fungi - 267; Plants - 142; Viruses - 10; Other Eukaryotes - 205 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25705909-25707108)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G64270.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G64270.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 25706725 -184

TSS peak A 4 + 25706727 -182

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	25706725	-184
TSS peak	`A`	4	+	25706727	-182

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 25706714 -195

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	25706714	-195

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TATTGGGCTTC + 25706451 25706461 -458 -448

AtREG355 TATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402 ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG476    TGGGCTTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TAATTGGGCTTATGGGCTTTG + 25706513 25706533 -396 -376

AtREG600 TAATTGGG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG418 AATTGGGC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    TTGGGCTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426     TGGGCTTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462      GGGCTTAT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG394          TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477           TATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378            ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376             TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG559              GGGCTTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAGCCCAAAT + 25706562 25706572 -347 -337

AtREG571 TTAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469   AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421    GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGACCCGAA + 25706580 25706588 -329 -321

AtREG617 TGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG597 GACCCGAA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG AACCGACT + 25706596 25706603 -313 -306

AtREG641 AACCGACT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TATTGGGCTTC`		+	25706451	25706461	-458	-448
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG476	`TGGGCTTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TAATTGGGCTTATGGGCTTTG`		+	25706513	25706533	-396	-376
	AtREG600	`TAATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG559	`GGGCTTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTAGCCCAAAT`		+	25706562	25706572	-347	-337
	AtREG571	`TTAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGACCCGAA`		+	25706580	25706588	-329	-321
	AtREG617	`TGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG597	`GACCCGAA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`AACCGACT`		+	25706596	25706603	-313	-306
	AtREG641	`AACCGACT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None