PlantPromoterDB promoter information of AT5G64400.2

Summary of Gene (AT5G64400.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G64400 TAIR NCBI
Gene model	AT5G64400.2
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G09570.1); Has 102 Blast hits to 100 proteins in 33 species: Archae - 0; Bacteria - 9; Metazoa - 16; Fungi - 2; Plants - 47; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 28 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25747922-25749121)

`Genome position from initiation codon` `AT5G64400.1 TSS from cDNA TSS information AT5G64400.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G64395.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G64400.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 87 + 25748849 -73

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	87	+	25748849	-73

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 25748840 -82

TSS clone T clone + 25748847 -75

TSS clone A clone + 25748849 -73

TSS clone A clone + 25748850 -72

TSS clone T clone + 25748865 -57

TSS clone T clone + 25748868 -54

TSS clone C clone + 25748878 -44

TSS clone A clone + 25748882 -40

TSS clone T clone + 25748888 -34

TSS clone T clone + 25748894 -28

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	25748840	-82
TSS clone	`T`	clone	+	25748847	-75
TSS clone	`A`	clone	+	25748849	-73
TSS clone	`A`	clone	+	25748850	-72
TSS clone	`T`	clone	+	25748865	-57
TSS clone	`T`	clone	+	25748868	-54
TSS clone	`C`	clone	+	25748878	-44
TSS clone	`A`	clone	+	25748882	-40
TSS clone	`T`	clone	+	25748888	-34
TSS clone	`T`	clone	+	25748894	-28

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTATAAATA + 25748812 25748822 -110 -100

Y Patch TTCTCTCC + 25748865 25748872 -57 -50

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTATAAATA`	+	25748812	25748822	-110	-100
Y Patch	`TTCTCTCC`	+	25748865	25748872	-57	-50
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTTTGGGCTTAT + 25748592 25748603 -330 -319

AtREG474 GTTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462     GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTTTGGGCCAA + 25748616 25748626 -306 -296

AtREG474 GTTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420   TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GGGTCAAA + 25748691 25748698 -231 -224

AtREG592 GGGTCAAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG AGACACGTC + 25748759 25748767 -163 -155

AtREG470 AGACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG481 GACACGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG CGTGGCTT + 25748778 25748785 -144 -137

AtREG608 CGTGGCTT ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTTTGGGCTTAT`		+	25748592	25748603	-330	-319
	AtREG474	`GTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTTTGGGCCAA`		+	25748616	25748626	-306	-296
	AtREG474	`GTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GGGTCAAA`		+	25748691	25748698	-231	-224
	AtREG592	`GGGTCAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`AGACACGTC`		+	25748759	25748767	-163	-155
	AtREG470	`AGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG481	`GACACGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
REG	`CGTGGCTT`		+	25748778	25748785	-144	-137
	AtREG608	`CGTGGCTT`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None