PlantPromoterDB promoter information of AT5G64830.2

Summary of Gene (AT5G64830.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G64830 TAIR NCBI
Gene model	AT5G64830.2
Description	programmed cell death 2 C-terminal domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: apoptosis; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Programmed cell death protein 2, C-terminal (InterPro:IPR007320); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (MYND type) family protein / programmed cell death 2 C-terminal domain-containing protein (TAIR:AT4G02220.1); Has 526 Blast hits to 479 proteins in 145 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 271; Fungi - 105; Plants - 49; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 101 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25917074-25915875)

`Genome position from initiation codon` `AT5G64830.1 AT5G64840.1 TSS from cDNA TSS information AT5G64830.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G64830.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 - 25916599 -525

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	-	25916599	-525

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 25916624 -550

TSS clone A clone - 25916590 -516

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	25916624	-550
TSS clone	`A`	clone	-	25916590	-516

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCTCTTCTCTTC - 25916615 25916630 -541 -556

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCTCTTCTCTTC`	-	25916615	25916630	-541	-556
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAACCGGTTAGGGCTTTAT - 25916654 25916673 -580 -599

AtREG542 AAAACCGG             PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436 AAACCGGT            PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG503    ACCGGTTA          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG651          TAGGGCTT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365            GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601             GGCTTTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG AACCGAACCGAACCA - 25916760 25916774 -686 -700

AtREG556 AACCGAACCGAAC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451 ACCGAACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456   CCGAACCG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575    CGAACCGA     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG655        CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAACCGGTTAGGGCTTTAT`		-	25916654	25916673	-580	-599
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG651	`TAGGGCTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACCGAACCGAACCA`		-	25916760	25916774	-686	-700
	AtREG556	`AACCGAACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG575	`CGAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None