PlantPromoterDB promoter information of AT5G65270.1

Summary of Gene (AT5G65270.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G65270 TAIR NCBI
Gene model	AT5G65270.1
Description	Arabidopsis Rab GTPase homolog A4a (AtRABA4a); FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: protein transport, small GTPase mediated signal transduction; LOCATED IN: plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Rab11-related (InterPro:IPR015595); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RABA4B (RAB GTPASE HOMOLOG A4B); GTP binding (TAIR:AT4G39990.1); Has 23029 Blast hits to 22998 proteins in 639 species: Archae - 17; Bacteria - 108; Metazoa - 12691; Fungi - 2978; Plants - 2157; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 5059 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26082437-26083636)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G65270.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G65260.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G65270.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 26083376 -61

TSS peak A 2 + 26083384 -53

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	26083376	-61
TSS peak	`A`	2	+	26083384	-53

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 26083328 -109

TSS clone A clone + 26083376 -61

TSS clone A clone + 26083377 -60

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	26083328	-109
TSS clone	`A`	clone	+	26083376	-61
TSS clone	`A`	clone	+	26083377	-60

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTCT + 26083333 26083341 -104 -96

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTCT`	+	26083333	26083341	-104	-96
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AACGGCCC + 26083089 26083096 -348 -341

AtREG377 AACGGCCC PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

REG CTTAATGGGCCTAATAAGGCCCAATT + 26083107 26083132 -330 -305

AtREG604 CTTAATGG                   PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357   TAATGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361    AATGGGCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354     ATGGGCCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358      TGGGCCTA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360       GGGCCTAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506        GGCCTAAT            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG425              ATAAGGCC      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351               TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353                AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356                 AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352                  GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418                   GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATCCAACGG + 26083247 26083255 -190 -182

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

AtREG554 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG AGACACGTCATC + 26083265 26083276 -172 -161

AtREG470 AGACACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG481 GACACGTC    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG517   ACACGTCA   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG483    CACGTCAT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG578     ACGTCATC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG AACGACGA + 26083307 26083314 -130 -123

AtREG648 AACGACGA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AACGGCCC`		+	26083089	26083096	-348	-341
	AtREG377	`AACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`CTTAATGGGCCTAATAAGGCCCAATT`		+	26083107	26083132	-330	-305
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATCCAACGG`		+	26083247	26083255	-190	-182
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG554	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`AGACACGTCATC`		+	26083265	26083276	-172	-161
	AtREG470	`AGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG481	`GACACGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG517	`ACACGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG483	`CACGTCAT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG578	`ACGTCATC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`AACGACGA`		+	26083307	26083314	-130	-123
	AtREG648	`AACGACGA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 - 26083026 AT5G65260.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	-	26083026	AT5G65260.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TACGTGTCG - 26083069 26083077 AT5G65260.1

AtREG557 TACGTGTC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG478 ACGTGTCG ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG GGGCCGTT - 26083089 26083096 AT5G65260.1

AtREG377 GGGCCGTT PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

REG AATTGGGCCTTATTAGGCCCATTAAG - 26083107 26083132 AT5G65260.1

AtREG418 AATTGGGC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351     GGGCCTTA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425      GGCCTTAT              PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG506            ATTAGGCC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360             TTAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358              TAGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354               AGGCCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361                GGCCCATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357                 GCCCATTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396                  CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604                   CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG CCGTTGGAT - 26083247 26083255 AT5G65260.1

AtREG554 CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586 CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG GATGACGTGTCT - 26083265 26083276 AT5G65260.1

AtREG578 GATGACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG483 ATGACGTG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517   TGACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG481    GACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG470     ACGTGTCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG TCGTCGTT - 26083307 26083314 AT5G65260.1

AtREG648 TCGTCGTT PPDB Motif PLACE Motif