PlantPromoterDB promoter information of AT5G65650.1

Summary of Gene (AT5G65650.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G65650 TAIR NCBI
Gene model	AT5G65650.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1195 (InterPro:IPR010608); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G36660.1); Has 43 Blast hits to 43 proteins in 11 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 43; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26238588-26239787)

`Genome position from initiation codon` `AT5G65640.1 AT5G65640.2 TSS from cDNA TSS information AT5G65650.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G65650.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 26239508 -80

TSS peak A 2 + 26239541 -47

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	26239508	-80
TSS peak	`A`	2	+	26239541	-47

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 26239509 -79

TSS clone A clone + 26239524 -64

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	26239509	-79
TSS clone	`A`	clone	+	26239524	-64

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTCTTATA + 26239469 26239476 -119 -112

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTCTTATA`	+	26239469	26239476	-119	-112
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGAGGCCC + 26239367 26239374 -221 -214

AtREG411 AGAGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTATTGGGCCTATA + 26239393 26239406 -195 -182

AtREG417 TTATTGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG362      GGGCCTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG487       GGCCTATA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAATGGGCTTTAT + 26239431 26239443 -157 -145

AtREG386 AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601      GGCTTTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAGCCCAAAC + 26239448 26239458 -140 -130

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469   AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG474    GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGAGGCCC`		+	26239367	26239374	-221	-214
	AtREG411	`AGAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TTATTGGGCCTATA`		+	26239393	26239406	-195	-182
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG362	`GGGCCTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG487	`GGCCTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAATGGGCTTTAT`		+	26239431	26239443	-157	-145
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAGCCCAAAC`		+	26239448	26239458	-140	-130
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG474	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None