version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G65660

Summary of Gene (AT5G65660)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G65660  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G65660  
Description hydroxyproline-rich glycoprotein family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 31 Blast hits to 31 proteins in 11 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 5; Fungi - 2; Plants - 21; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26240595-26239396)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G65660                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G65650.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence








 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G65660

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG20-26246375-130

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone-26246377-132
TSS cloneTclone-26246374-129

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTTATAAATA-2624640426246413-159-168
Y PatchCTCTCTTCTCTTCTCT-2624633226246347-87-102
Y PatchTCTCTTCTT-2624638426246392-139-147
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTAATGGG-2624657326246580-328-335
 AtREG396TTAATGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
REGAAAGTCAA-2624663226246639-387-394
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG2+26239508AT5G65650.1
TSS peakA2+26239541AT5G65650.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+26239509AT5G65650.1
TSS cloneAclone+26239524AT5G65650.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTCTTATA+2623946926239476AT5G65650.1
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTATTGGGCCTATA+2623939326239406AT5G65650.1
 AtREG417TTATTGGG       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   TTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358    TGGGCCTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG362     GGGCCTAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG487      GGCCTATA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAAATGGGCTTTAT+2623943126239443AT5G65650.1
 AtREG386AAATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372 AATGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378  ATGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG365    GGGCTTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG601     GGCTTTAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAAGCCCAAAC+2623944826239458AT5G65650.1
 AtREG426TAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407 AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469  AGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG474   GCCCAAAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.