PlantPromoterDB promoter information of AT5G65660

Summary of Gene (AT5G65660)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G65660 TAIR NCBI
Gene model	AT5G65660
Description	hydroxyproline-rich glycoprotein family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 31 Blast hits to 31 proteins in 11 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 5; Fungi - 2; Plants - 21; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26254695-26253496)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G65660 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G65670.1 AT5G65670.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G65660

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 20 - 26246375 -130

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	20	-	26246375	-130

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 26246377 -132

TSS clone T clone - 26246374 -129

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	26246377	-132
TSS clone	`T`	clone	-	26246374	-129

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTATAAATA - 26246404 26246413 -159 -168

Y Patch CTCTCTTCTCTTCTCT - 26246332 26246347 -87 -102

Y Patch TCTCTTCTT - 26246384 26246392 -139 -147

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTATAAATA`	-	26246404	26246413	-159	-168
Y Patch	`CTCTCTTCTCTTCTCT`	-	26246332	26246347	-87	-102
Y Patch	`TCTCTTCTT`	-	26246384	26246392	-139	-147
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAATGGG - 26246573 26246580 -328 -335

AtREG396 TTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG AAAGTCAA - 26246632 26246639 -387 -394

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAATGGG`		-	26246573	26246580	-328	-335
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`AAAGTCAA`		-	26246632	26246639	-387	-394
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 40 + 26253754 AT5G65670.1, AT5G65670.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	40	+	26253754	AT5G65670.1, AT5G65670.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 26253685 AT5G65670.1, AT5G65670.2

TSS clone A clone + 26253695 AT5G65670.1, AT5G65670.2

TSS clone T clone + 26253833 AT5G65670.1, AT5G65670.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	26253685	AT5G65670.1, AT5G65670.2
TSS clone	`A`	clone	+	26253695	AT5G65670.1, AT5G65670.2
TSS clone	`T`	clone	+	26253833	AT5G65670.1, AT5G65670.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCTCTCTCTTTCTCT + 26253733 26253751 AT5G65670.1, AT5G65670.2

Y Patch CTCTTCTTCTCC + 26253788 26253799 AT5G65670.1, AT5G65670.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCTCTCTCTTTCTCT`	+	26253733	26253751	AT5G65670.1, AT5G65670.2
Y Patch	`CTCTTCTTCTCC`	+	26253788	26253799	AT5G65670.1, AT5G65670.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACGGTTTAG + 26253540 26253548 AT5G65670.1, AT5G65670.2

AtREG652 ACGGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG511 CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCGTTGGAT + 26253574 26253582 AT5G65670.1, AT5G65670.2

AtREG554 CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586 CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif