PlantPromoterDB promoter information of AT5G65740.2

Summary of Gene (AT5G65740.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G65740 TAIR NCBI
Gene model	AT5G65740.2
Description	protein binding / zinc ion binding; FUNCTIONS IN: protein binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); Has 130 Blast hits to 129 proteins in 51 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 99; Fungi - 0; Plants - 22; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26304522-26303323)

`Genome position from initiation codon` `AT5G65740.1 AT5G65740.3 TSS from cDNA TSS information AT5G65740.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G65750.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G65740.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 26303471 -49

TSS clone peak G clone - 26303433 -11

TSS clone T clone - 26303425 -3

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	26303471	-49
TSS clone peak	`G`	clone	-	26303433	-11
TSS clone	`T`	clone	-	26303425	-3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 10 + 26303736 AT5G65750.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	10	+	26303736	AT5G65750.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 26303729 AT5G65750.1

TSS clone G clone + 26303730 AT5G65750.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	26303729	AT5G65750.1
TSS clone	`G`	clone	+	26303730	AT5G65750.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTTCCTTCTTTCTCT + 26303705 26303721 AT5G65750.1

Y Patch CGTCTTCTTC + 26303772 26303781 AT5G65750.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTTCCTTCTTTCTCT`	+	26303705	26303721	AT5G65750.1
Y Patch	`CGTCTTCTTC`	+	26303772	26303781	AT5G65750.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTTTGGGCCGATAAGCCCAATAT + 26303483 26303505 AT5G65750.1

AtREG529 TTTTGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414   TTGGGCCG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393    TGGGCCGA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555     GGGCCGAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG462           ATAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426            TAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407             AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402              AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355               GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509                CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG GTTGGGCCTAAAAGCCCAATAT + 26303575 26303596 AT5G65750.1

AtREG449 GTTGGGCC               PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356 TTGGGCCT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358   TGGGCCTA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360    GGGCCTAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430     GGCCTAAA           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG549         TAAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409          AAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376           AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407            AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402             AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355              GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509               CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TGAGGCCCAGT + 26303611 26303621 AT5G65750.1

AtREG587 TGAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG447 GAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG410   AGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG384    GGCCCAGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY