version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G65740.3

Summary of Gene (AT5G65740.3)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G65740  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G65740.3  
Description protein binding / zinc ion binding; FUNCTIONS IN: protein binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); Has 130 Blast hits to 129 proteins in 51 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 99; Fungi - 0; Plants - 22; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26303692-26302493)

Genome position     
from initiation codon
AT5G65740.1         
AT5G65740.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G65740.3                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence












 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G65740.3

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-26303471-579
TSS clone peakGclone-26303433-541
TSS cloneTclone-26303425-533

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTTTGGGCCGATAAGCCCAATAT+2630348326303505AT5G65750.1
 AtREG529TTTTGGGC                PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG373 TTTGGGCC               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414  TTGGGCCG              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG393   TGGGCCGA             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG555    GGGCCGAT            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG462          ATAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426           TAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407            AAGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402             AGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355              GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG509               CCCAATAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGTTGGGCCTAAAAGCCCAATAT+2630357526303596AT5G65750.1
 AtREG449GTTGGGCC               PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356 TTGGGCCT              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358  TGGGCCTA             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG360   GGGCCTAA            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG430    GGCCTAAA           PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG549        TAAAAGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409         AAAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376          AAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407           AAGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402            AGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355             GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG509              CCCAATAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGAGGCCCAGT+2630361126303621AT5G65750.1
 AtREG587TGAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG447 GAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG410  AGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG384   GGCCCAGT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.