version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G65760.1

Summary of Gene (AT5G65760.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G65760  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G65760.1  
Description serine carboxypeptidase S28 family protein; FUNCTIONS IN: serine-type peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: chloroplast, vacuole; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S28 (InterPro:IPR008758); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase S28 family protein (TAIR:AT2G24280.1); Has 916 Blast hits to 880 proteins in 115 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 522; Fungi - 131; Plants - 109; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 148 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26295839-26297038)

Genome position     
from initiation codon
AT5G65720.1         
AT5G65720.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G65760.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G65760.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+26308258-31
TSS clone peakAclone+26308261-28
TSS cloneAclone+26308276-13

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA13+26296273AT5G65720.1, AT5G65720.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+26296239AT5G65720.1, AT5G65720.2
TSS cloneTclone+26296246AT5G65720.1, AT5G65720.2
TSS cloneCclone+26296253AT5G65720.1, AT5G65720.2
TSS cloneCclone+26296257AT5G65720.1, AT5G65720.2
TSS cloneAclone+26296273AT5G65720.1, AT5G65720.2
TSS cloneCclone+26296274AT5G65720.1, AT5G65720.2
TSS cloneGclone+26296290AT5G65720.1, AT5G65720.2
TSS cloneAclone+26296298AT5G65720.1, AT5G65720.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTTCTTCTTC+2629625926296272AT5G65720.1, AT5G65720.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTATTGGGC+2629610426296111AT5G65720.1, AT5G65720.2
 AtREG355TATTGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTATAGGCCCATTAT+2629611626296129AT5G65720.1, AT5G65720.2
 AtREG487TATAGGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG362 ATAGGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358  TAGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354   AGGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361    GGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG357     GCCCATTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG546      CCCATTAT PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.