PlantPromoterDB promoter information of AT5G65950.1

Summary of Gene (AT5G65950.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G65950 TAIR NCBI
Gene model	AT5G65950.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1683, C-terminal (InterPro:IPR012880); Has 238 Blast hits to 212 proteins in 99 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 129; Fungi - 62; Plants - 23; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 24 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26379290-26380489)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G65950.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G65950.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 10 + 26380287 -3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	10	+	26380287	-3

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 26380267 -23

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	26380267	-23

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGTGGGCTTATAATGGGCCTGA + 26380012 26380033 -278 -257

AtREG510 AGTGGGCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518 GTGGGCTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426   TGGGCTTA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462    GGGCTTAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG546          ATAATGGG      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357           TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361            AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354             ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370              TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374               GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ATACCCTTA + 26380094 26380102 -196 -188

AtREG623 ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG570 TACCCTTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG TTAAAGGCCCGTT + 26380107 26380119 -183 -171

AtREG639 TTAAAGGC      PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467 TAAAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359   AAAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG429     AGGCCCGT PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif GGGCC

AtREG401      GGCCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

REG CCCATTAAG + 26380125 26380133 -165 -157

AtREG396 CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604 CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG TCTGGGCCA + 26380149 26380157 -141 -133

AtREG397 TCTGGGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG458 CTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CAAAGGCCCGTTAAAAGCCCAC + 26380198 26380219 -92 -71

AtREG656 CAAAGGCC               PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG429    AGGCCCGT            PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif GGGCC

AtREG401     GGCCCGTT           PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

AtREG399      GCCCGTTA          PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG610        CCGTTAAA        PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG549            TAAAAGCC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409             AAAAGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376              AAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518               AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGTGGGCTTATAATGGGCCTGA`		+	26380012	26380033	-278	-257
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG374	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ATACCCTTA`		+	26380094	26380102	-196	-188
	AtREG623	`ATACCCTT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG570	`TACCCTTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`TTAAAGGCCCGTT`		+	26380107	26380119	-183	-171
	AtREG639	`TTAAAGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG429	`AGGCCCGT`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG401	`GGCCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`CCCATTAAG`		+	26380125	26380133	-165	-157
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`TCTGGGCCA`		+	26380149	26380157	-141	-133
	AtREG397	`TCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG458	`CTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`CAAAGGCCCGTTAAAAGCCCAC`		+	26380198	26380219	-92	-71
	AtREG656	`CAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG429	`AGGCCCGT`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG401	`GGCCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG399	`GCCCGTTA`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG610	`CCGTTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATAAAGCCCATTAT - 26379306 26379319 AT5G65940.1, AT5G65940.2, AT5G65940.3

AtREG601 ATAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372     AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG546       CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG GGGCTTTG - 26379364 26379371 AT5G65940.1, AT5G65940.2, AT5G65940.3

AtREG559 GGGCTTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCACGTGTCAT - 26379490 26379501 AT5G65940.1, AT5G65940.2, AT5G65940.3

AtREG464 CCCACGTG     ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG382 CCACGTGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG389    ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG438     CGTGTCAT ABA PPDB Motif PLACE Motif