PlantPromoterDB promoter information of AT5G66010.1

Summary of Gene (AT5G66010.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G66010 TAIR NCBI
Gene model	AT5G66010.1
Description	RNA binding / nucleic acid binding / nucleotide binding; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA binding / nucleic acid binding / nucleotide binding (TAIR:AT3G20890.1); Has 2870 Blast hits to 1043 proteins in 107 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2605; Fungi - 10; Plants - 100; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 155 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26398612-26399811)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G66010.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G66005.1 AT5G66005.2 AT5G66005.3 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G66010.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 2 + 26399527 -85

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	2	+	26399527	-85

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TATATGGGCCTCA + 26399312 26399324 -300 -288

AtREG620 TATATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG447     TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG587      GGGCCTCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTTGGGCCG + 26399332 26399340 -280 -272

AtREG373 TTTGGGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414 TTGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TTTGGGCCGAT + 26399448 26399458 -164 -154

AtREG373 TTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414 TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393   TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555    GGGCCGAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTGGCCCAGA + 26399463 26399472 -149 -140

AtREG484 TTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG458 TGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG397   GGCCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TATATGGGCCTCA`		+	26399312	26399324	-300	-288
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG447	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG587	`GGGCCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TTTGGGCCG`		+	26399332	26399340	-280	-272
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TTTGGGCCGAT`		+	26399448	26399458	-164	-154
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG555	`GGGCCGAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TTGGCCCAGA`		+	26399463	26399472	-149	-140
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG458	`TGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG397	`GGCCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone - 26399273 AT5G66005.1, AT5G66005.2, AT5G66005.3

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	26399273	AT5G66005.1, AT5G66005.2, AT5G66005.3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None