PlantPromoterDB promoter information of AT5G66030.2

Summary of Gene (AT5G66030.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G66030 TAIR NCBI
Gene model	AT5G66030.2
Description	Involved in golgi protein trafficking. AtARL1 binds directly to the GRIP domain of AtGRIP in a GTP-dependent manner. Localized to the golgi apparatus, tyrosine 717 in AtGRIP is crucial for Golgi localization.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26410888-26409689)

`Genome position from initiation codon` `AT5G66030.1 TSS from cDNA TSS information AT5G66030.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G66040.1 AT5G66040.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G66030.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 2 - 26410602 -714

TSS peak A 8 - 26410259 -371

TSS peak G 10 - 26410146 -258

TSS peak T 4 - 26409938 -50

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	2	-	26410602	-714
TSS peak	`A`	8	-	26410259	-371
TSS peak	`G`	10	-	26410146	-258
TSS peak	`T`	4	-	26409938	-50

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 26410255 -367

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	26410255	-367

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCTCT - 26410098 26410106 -210 -218

Y Patch CCTCTCTCTCTCT - 26410116 26410128 -228 -240

Y Patch CTCTCCTCC - 26410562 26410570 -674 -682

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCTCT`	-	26410098	26410106	-210	-218
Y Patch	`CCTCTCTCTCTCT`	-	26410116	26410128	-228	-240
Y Patch	`CTCTCCTCC`	-	26410562	26410570	-674	-682
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACGACGT - 26410189 26410196 -301 -308

AtREG526 GACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG AAAACGGCA - 26410364 26410372 -476 -484

AtREG531 AAAACGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG500 AAACGGCA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TTATGGGCTAA - 26410415 26410425 -527 -537

AtREG394 TTATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581   ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571    TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATAATGGGCCTAAG - 26410434 26410447 -546 -559

AtREG546 ATAATGGG       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG563       GGCCTAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG TAATTGGGCCATA - 26410460 26410472 -572 -584

AtREG600 TAATTGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG418 AATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420    TTGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG437     TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG479      GGGCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACGACGT`		-	26410189	26410196	-301	-308
	AtREG526	`GACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`AAAACGGCA`		-	26410364	26410372	-476	-484
	AtREG531	`AAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG500	`AAACGGCA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TTATGGGCTAA`		-	26410415	26410425	-527	-537
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`ATGGGCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG571	`TGGGCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ATAATGGGCCTAAG`		-	26410434	26410447	-546	-559
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG563	`GGCCTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAATTGGGCCATA`		-	26410460	26410472	-572	-584
	AtREG600	`TAATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG479	`GGGCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 69 + 26410562 AT5G66040.2

TSS peak C 17 + 26410770 AT5G66040.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	69	+	26410562	AT5G66040.2
TSS peak	`C`	17	+	26410770	AT5G66040.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 26410520 AT5G66040.2, AT5G66040.1

TSS clone T clone + 26410523 AT5G66040.2, AT5G66040.1

TSS clone A clone + 26410530 AT5G66040.2, AT5G66040.1

TSS clone A clone + 26410531 AT5G66040.2, AT5G66040.1

TSS clone A clone + 26410537 AT5G66040.2, AT5G66040.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	26410520	AT5G66040.2, AT5G66040.1
TSS clone	`T`	clone	+	26410523	AT5G66040.2, AT5G66040.1
TSS clone	`A`	clone	+	26410530	AT5G66040.2, AT5G66040.1
TSS clone	`A`	clone	+	26410531	AT5G66040.2, AT5G66040.1
TSS clone	`A`	clone	+	26410537	AT5G66040.2, AT5G66040.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGCCGTTTT + 26410364 26410372 AT5G66040.2

AtREG500 TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG531 GCCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TTAGCCCATAA + 26410415 26410425 AT5G66040.2

AtREG571 TTAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581 TAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394    GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTTAGGCCCATTAT + 26410434 26410447 AT5G66040.2

AtREG563 CTTAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG546       CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TATGGCCCAATTA + 26410460 26410472 AT5G66040.2

AtREG479 TATGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG437 ATGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420   TGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418     GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG600      CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif