PlantPromoterDB promoter information of AT5G66090.1

Summary of Gene (AT5G66090.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G66090 TAIR NCBI
Gene model	AT5G66090.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 29 Blast hits to 29 proteins in 12 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 18; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26424831-26426030)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G66090.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G66080.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G66090.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 17 + 26425791 -40

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	17	+	26425791	-40

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 26425736 -95

TSS clone T clone + 26425738 -93

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	26425736	-95
TSS clone	`T`	clone	+	26425738	-93

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTATTGGGCTTTG + 26425614 26425627 -217 -204

AtREG611 CTTATTGG       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417 TTATTGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355   TATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402    ATTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407     TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376      TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG559       GGGCTTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATATGGGCCCT + 26425630 26425641 -201 -190

AtREG620 TATATGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391    ATGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG400     TGGGCCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TATGGCCCGTTA + 26425664 26425675 -167 -156

AtREG479 TATGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG401    GGCCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

AtREG399     GCCCGTTA PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG GGCCTTAT + 26425697 26425704 -134 -127

AtREG425 GGCCTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTATTGGGCTTTG`		+	26425614	26425627	-217	-204
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG559	`GGGCTTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATATGGGCCCT`		+	26425630	26425641	-201	-190
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG400	`TGGGCCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TATGGCCCGTTA`		+	26425664	26425675	-167	-156
	AtREG479	`TATGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG401	`GGCCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG399	`GCCCGTTA`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`GGCCTTAT`		+	26425697	26425704	-134	-127
	AtREG425	`GGCCTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 26425378 AT5G66080.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	26425378	AT5G66080.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 26425406 AT5G66080.1

TSS clone G clone - 26425399 AT5G66080.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	26425406	AT5G66080.1
TSS clone	`G`	clone	-	26425399	AT5G66080.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTTCTT - 26425353 26425363 AT5G66080.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTTCTT`	-	26425353	26425363	AT5G66080.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CAAAGCCCAATAAG - 26425614 26425627 AT5G66080.1

AtREG559 CAAAGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402    AGCCCAAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417      CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611       CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG AGGGCCCATATA - 26425630 26425641 AT5G66080.1

AtREG400 AGGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391 GGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364   GGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620     CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAACGGGCCATA - 26425664 26425675 AT5G66080.1

AtREG399 TAACGGGC     PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG401 AACGGGCC    PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

AtREG479     GGGCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC