PlantPromoterDB promoter information of AT5G66130.1

Summary of Gene (AT5G66130.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G66130 TAIR NCBI
Gene model	AT5G66130.1
Description	Encodes a homolog to yeast RAD17. Involved in the regulation of DNA damage repair and homologous recombination. Mutant has increased sensitivity to MMS and increased telomere lengths.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26433236-26434435)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G66130.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G66120.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G66130.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 + 26434157 -79

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	+	26434157	-79

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCC + 26434175 26434182 -61 -54

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCC`	+	26434175	26434182	-61	-54
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGACACGTCACG + 26433911 26433922 -325 -314

AtREG389 TGACACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG481 GACACGTC    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG517   ACACGTCA   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG466    CACGTCAC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG489     ACGTCACG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TGCCGTTT + 26433971 26433978 -265 -258

AtREG500 TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AAAACGCG + 26434057 26434064 -179 -172

AtREG566 AAAACGCG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG ACGACACGCCGTT + 26434072 26434084 -164 -152

AtREG428 ACGACACG      ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG497      ACGCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), CCAACGG PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGACACGTCACG`		+	26433911	26433922	-325	-314
	AtREG389	`TGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG481	`GACACGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG517	`ACACGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG466	`CACGTCAC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG489	`ACGTCACG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TGCCGTTT`		+	26433971	26433978	-265	-258
	AtREG500	`TGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AAAACGCG`		+	26434057	26434064	-179	-172
	AtREG566	`AAAACGCG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`ACGACACGCCGTT`		+	26434072	26434084	-164	-152
	AtREG428	`ACGACACG`	ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG497	`ACGCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), CCAACGG`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 26433778 AT5G66120.1, AT5G66120.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	26433778	AT5G66120.1, AT5G66120.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 26433755 AT5G66120.1, AT5G66120.2

TSS clone A clone - 26433738 AT5G66120.1, AT5G66120.2

TSS clone G clone - 26433733 AT5G66120.1, AT5G66120.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	26433755	AT5G66120.1, AT5G66120.2
TSS clone	`A`	clone	-	26433738	AT5G66120.1, AT5G66120.2
TSS clone	`G`	clone	-	26433733	AT5G66120.1, AT5G66120.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGTGACGTGTCA - 26433911 26433922 AT5G66120.1, AT5G66120.2

AtREG489 CGTGACGT     ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG466 GTGACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517   TGACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG481    GACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG389     ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG AAACGGCA - 26433971 26433978 AT5G66120.1, AT5G66120.2

AtREG500 AAACGGCA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CGCGTTTT - 26434057 26434064 AT5G66120.1, AT5G66120.2

AtREG566 CGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif