version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G66250

Summary of Gene (AT5G66250)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G66250  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G66250  
Description kinectin-related; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G17990.1); Has 2976 Blast hits to 2536 proteins in 302 species: Archae - 62; Bacteria - 209; Metazoa - 1732; Fungi - 207; Plants - 142; Viruses - 26; Other Eukaryotes - 598 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26466050-26467249)

Genome position     
from initiation codon
AT5G66240.1         
AT5G66240.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G66250                        5'->3' (+)
Promoter sequence











 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G66250

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+26468533-517
TSS clone peakAclone+26468548-502
TSS cloneAclone+26468549-501
TSS cloneTclone+26468559-491

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA5+26466204AT5G66240.1, AT5G66240.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+26466204AT5G66240.1, AT5G66240.2
TSS cloneCclone+26466209AT5G66240.1, AT5G66240.2
TSS cloneGclone+26466210AT5G66240.1, AT5G66240.2
TSS cloneTclone+26466220AT5G66240.1, AT5G66240.2
TSS cloneTclone+26466236AT5G66240.1, AT5G66240.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAGTCAA+2646605326466060AT5G66240.1, AT5G66240.2
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGATTTGGGCCCATAT+2646611126466124AT5G66240.1, AT5G66240.2
 AtREG421ATTTGGGC       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG373 TTTGGGCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG392  TTGGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG422   TGGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG391    GGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364     GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG432      GCCCATAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAAAAGCCCATA+2646612626466137AT5G66240.1, AT5G66240.2
 AtREG549TAAAAGCC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409 AAAAGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   AAGCCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG477    AGCCCATA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTTGGCCCACA+2646614726466156AT5G66240.1, AT5G66240.2
 AtREG484TTGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG612  GGCCCACADREB1Aox PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.