PlantPromoterDB promoter information of AT5G66270.1

Summary of Gene (AT5G66270.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G66270 TAIR NCBI
Gene model	AT5G66270.1
Description	zinc finger (CCCH-type) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (CCCH-type) family protein (TAIR:AT3G51180.1); Has 103 Blast hits to 95 proteins in 14 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 7; Fungi - 0; Plants - 92; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26476566-26475367)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G66270.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G66280.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G66270.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 26475783 -217

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	26475783	-217

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 26476367 AT5G66280.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	26476367	AT5G66280.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATTATATATAAG + 26476329 26476340 AT5G66280.1

Y Patch TTTCTTCT + 26476396 26476403 AT5G66280.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATTATATATAAG`	+	26476329	26476340	AT5G66280.1
Y Patch	`TTTCTTCT`	+	26476396	26476403	AT5G66280.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATAAGCCCAATAA + 26476143 26476155 AT5G66280.1

AtREG462 ATAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402    AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417      CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAAAGCCCATCTTGGCCCAATAG + 26476169 26476192 AT5G66280.1

AtREG545 TTAAAGCC                 PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG572      GCCCATCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG484             TTGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420              TGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352               GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355                GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624                 CCCAATAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif