PlantPromoterDB promoter information of AT5G66290.1

Summary of Gene (AT5G66290.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G66290 TAIR NCBI
Gene model	AT5G66290.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; Has 18 Blast hits to 18 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 18; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 26480441-26479242)

`Genome position from initiation codon` `AT5G66300.1 TSS from cDNA TSS information AT5G66290.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G66290.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 15 - 26479540 -99

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	15	-	26479540	-99

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 26479539 -98

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	26479539	-98

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTCCTCCTTCTCCT - 26479545 26479562 -104 -121

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTCCTCCTTCTCCT`	-	26479545	26479562	-104	-121
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAACGGCACG - 26479600 26479610 -159 -169

AtREG531 AAAACGGC    PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG500 AAACGGCA   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG522    ACGGCACG PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCGTTTT - 26479643 26479650 -202 -209

AtREG650 GGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG ATCCAACG - 26479655 26479662 -214 -221

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG TGGGCCCAATAAAATGGGCTTTT - 26479732 26479754 -291 -313

AtREG422 TGGGCCCA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392 GGGCCCAA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417     CCCAATAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386            AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372             AATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378              ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376               TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409                GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGTGGGCTCA - 26479758 26479767 -317 -326

AtREG510 AGTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG485   TGGGCTCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAACGGCACG`		-	26479600	26479610	-159	-169
	AtREG531	`AAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG500	`AAACGGCA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG522	`ACGGCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCGTTTT`		-	26479643	26479650	-202	-209
	AtREG650	`GGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`ATCCAACG`		-	26479655	26479662	-214	-221
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`TGGGCCCAATAAAATGGGCTTTT`		-	26479732	26479754	-291	-313
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`GGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGTGGGCTCA`		-	26479758	26479767	-317	-326
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG485	`TGGGCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None